شناسایی ریخت شناسی و مولکولی گونه Basiria graminophila جدا شده از ریزوسفر مرکبات در استان خوزستان
XML
نویسندگان
1استان خوزستان. شهرستان اهواز.دانشگاه شهید چمران اهواز
2گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، ایران
چکیده
مرکبات یکی از مهمترین محصولات باغی گرمسیری و نیمه گرمسیری جهان هستند که به طور گسترده‌ای به عنوان میوه تازه یا آب‌میوه مصرف می‌شوند و منابع مهمی از ویتامین C را فراهم می‌کنند. طیف وسیعی از نماتدهای انگل گیاهی همراه با ریزوسفر مرکبات بوده اند. در تحقیق حاضر، نماتدهای انگل گیاهی باغ های مرکبات در استان خوزستان مورد بررسی قرار گرفتند. بر اساس ویژگی های ریخت‌شناسی و ریخت‌سنجی و با استفاده از کلیدهای معتبر ازجمله گرارت (2008) که برای شناسایی گونه های جنس Basiria Siddiqi, 1959 ارائه شده است، جمعیتی از گونه Basiria graminophila Siddiqi (1959) از ریزوسفر مرکبات در حومه شهرستان‌های شوش، دزفول و باغملک جداسازی و شناسایی گردید. این جمعیت با داشتن بدن تقریبا صاف تا کمی خمیده به سمت شکمی، سطوح جانبی با چهار شیار مشخص، ناحیه لب صاف، منافذ آمفید به صورت شکاف مورب، استایلت مستقیم به طول 9 تا 5/12 میکرومتر با گره های گرد، حباب میانی بیضی شکل، حباب انتهایی گلابی شکل، کیسه ذخیره اسپرم کشیده، در امتداد محور تناسلی و حاوی اسپرم های گرد، طول کیسه عقبی رحم کمتر از عرض بدن، دم معمولا بلند، به طول 80 تا 120 میکرومتر، با انتهای گرد باریک تا نسبتا تیز و اسپیکول به طول 15 تا 5/17 میکرومتر شناسایی می گردد. برای مطالعه مولکولی جمعیت مورد نظر، استخراج DNA صورت گرفت. سپس ناحیه D2-D3 از ژن 28S rDNA تکثیر، توالی یابی و جهت آنالیزهای فیلوژنی مورد استفاده قرار گرفت. مقایسه توالی نمونه با اطلاعات بانک ژن (Nblast) نشان داد که جمعیت مورد مطالعه بیشترین شباهت را با گونه های Basiria sp. 1 و Basiria sp. 3 به شماره بانک ژن JQ004999 و JQ004998 از ایران دارد. روابط فیلوژنی جمعیت مورد مطالعه با سایر گونه های جنس Basiria sp. موجود در بانک ژن و نماینده هایی از سایر جنس های خانواده Tylenchidae بررسی شد. گونه Aphelenchoides fragaria (DQ328683) به عنوان اوت گروپ انتخاب شد. آنالیز فیلوژنی با روش Maximum Likelihood و نرم افزار مگا نسخه شش انجام گرفت. در درخت فیلوژنتیک رسم شده، جمعیت مورد بررسی با دیگر توالی های موجود از جنسBasiria sp. در یک کلاد با حمایت شاخه ای 98 درصد قرار گرفتند.
کلیدواژه ها
موضوعات
 
Title
Morphological and molecular identification of Basiria graminophila isolated from citrus in Khuzestan province
Authors
Payam Eisvand, Reza Farrokhi Nejad, Sedighe Azimi
Abstract
Citrus are one of the most important tropical and subtropical crops in the world that widely consumed worldwide as juice or fresh fruit, providing important sources of vitamin C. A wide range of plant-parasitic nematodes have been associated with the citrus rhizosphere. In the present research, plant-parasitic nematodes associated with citrus orchards were studied in Khuzestan province. Based on morphological and morphometric characters and using valid keys such as Geraert (2008) for identification of Basiria Siddiqi, 1959 species, a population of Basiria graminophila Siddiqi (1959) was isolated and identified from the rhizosphere of citrus in the vicinity of Shush, Dezful and Baghmalek cities. This population can be recognized by having body almost straight to slightly ventrally curve, lateral field with four distinct incisures, lip region smooth, amphidial apertures oblique and slit-like, stylet straight, 9-12.5 μm long, with rounded basal knobs, median bulb oval, basal bulb pyriform, spermatheca elongated, non-offset, with rounded sperm, post-vulval uterine sac less than of corresponding body width long, tail usually long, 84-120 μm long, with finely rounded to slightly pointed terminus, spicules 15-17.5 μm long. For molecular study, DNA was extracted. Sequence of the D2-D3 expansion segments of 28S rDNA gene was used for molecular phylogenetic analysis. Nblast result showed most identity of the studied population with species of Basiria sp. 1 and Basiria sp. 3 from Iran deposited in GenBank (JQ004999 and JQ004998). The phylogenetic relationships between this population of B. graminophila with other species of Basiria genus and representatives of Tylenchidae were studied. Aphelenchoides fragaria (DQ328683) was selected as outgroup. Phylogenetic analysis was performed using the Maximum Likelihood method and software Mega 6. Result showed that this population places together with other populations of Basiria sp. with high support (98%) in a same clade.
Keywords
Morphometric, 28S rDNA gene, Phylogeny