شناسایی برخی ویروئیدهای مهم انگور از‌تاکستان‌های استان زنجان
XML
نویسندگان
1زنجان- خیابان میثاق 7- مجتمع کوهسار- بلوکB6- واحد2
2گیاهپزشکی- کشاورزی- دانشگاه زنجان- زنجان- ایران
3دانشگاه زنجان، زنجان، ایران
4دانشگاه کردستان، سنندج،ایران
چکیده
طبق دهمین گزارش ICTV، ویروئیدها در دو خانواده اوسان‌ویروئیده با سه جنسPelamoviroid) ، Avsunviroidو (Elaviroid و پوسپی‌ویروئیده با پنج جنس (Pospiviroid, Coleviroid, Cocaviroid, Hostuviroid, Apscaviroid) طبقه‌بندی می‌شوند که ویروئیدهای انگور همه عضو خانواده پوسپی‌و‌یروئیده هستند. هدف این مطالعه، ردیابی ویروئیدهای تاکستان‌های استان زنجان بود و برای این منظور نمونه ‌برداری در سال زراعی 96-95 به صورت انتخابی از گیاهان دارای علائم مشکوک و همچنین فاقد علائم ظاهری مشخص انجام شد. استخراج آران‌ای کل از بافت‌های برگی جمع‌آوری شده انجام گرفت سپس، ساخت دی‌ان‌ای مکمل (cDNA)، با استفاده از کیتCompany HyperScriptTM RT master mix; Gene All انجام شد. آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز (پی سی‌آر) با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی GYSVd-1-mF (آغازگر‌ رفت) و GYSVd-l-mR2 ، GYSVd-1-mRl (آغازگرهای برگشت) برای ردیابی ویروئید لکه زردی مو یک (GYSVd-1)، همچنین از آغازگرهای GYSVd-2-Pl و GYSVd-2-P2 برای ردیابی ویروئید لکه زردی مو دو (GYSVd-2) واز آغازگرهای HSVd-78P و HSVd-83 M و برای ردیابی ویروئید ‌کوتولگی رازک (HSVd) استفاده شد. نتایج RT-PCR نشان داد که قطعه bp368 مربوط به (GYSVd-1) در 11 نمونه (معادل 10% نمونه‌های مورد مطالعه)، قطعه bp370 مربوط به (GYSVd-2) در 2 نمونه (معادل 8/1% نمونه‌های مورد مطالعه) و قطعه bp308 مربوط به (HSVd) در 15 نمونه (معادل 6/13% نمونه‌های مورد مطالعه) تکثیر یافت. نمونه های آلوده گیاهی مذکور از تاکستان‌‌ های آلوده استان زنجان (ابهر، زنجان و طارم) جمع آوری شده بودند. تعیین ترادف نوکلئوتیدی برخی از قطعات تکثیر یافته و مقایسه آنها با توالی های موجود در بانک ژن و علائم مشاهده شده تایید کننده وجود این ویروئیدها بود. براساس اطلاعات موجود، این اولین گزارش از ردیابی ویروئیدهای مذکور در استان زنجان می‌باشند.
کلیدواژه ها
موضوعات
 
Title
Identification of some important viroids in vineyards from Zanjan
Authors
Roghaieh Moradi, Davoud Koolivand, Omid Eini Gandomani, Mohammad Hajizadeh
Abstract
Based on the ICTV 10th report, viroids have classified into two families. Avsunviroidae family includes three genera Pelamoviroid, Avsunviroid and Elaviroid while Pospiviroidae family consists of five genera (Pospiviroid, Coleviroid, Cocaviroid, Hostuviroid, Apscaviroid) and grapevine viroids belong to this family. The aim of this research was to detect some important viroids from vineyard in Zanjan region. During growing seasons in 2016-2017, symptomatic and non-symptomatic samples were collected from vineyards in Zanjan. After total RNA extraction, cDNA was synthesized by HyperScriptTM RT master mix based on the instruction. In the PCR, GYSVd-1-mf (forward) and GYSVd-1-mRl, GYSVd-1-mR2 (Reverse) primers were applied to detect Grapevine yellow speckle viroid-1. Grapevine yellow speckle viroid-2 was detected by specific primers, GYSVd-2-Pl (forward), GYSVd-2-P2 (reverse). Hop stunt viroid was detected by HSVd-78P (forward) and HSVd-83 M (reverse) primers. The result revealed that a 368 bp fragment was amplified by specific primers of GYSVd-1 in 11 samples (10% of tested samples). In two samples (1.8% of tested samples) a 370 bp fragment was amplified by specific primers for GYSVd-2. Hop stunt viroid was detected in 15 samples (13.6% of tested samples) based on the amplified fragments with size of 308 bp. These viroids were detected in samples from various regions (Abhar, Zanjan and Tarom) in Zanjan province. Sequencing of some PCR-products and comparing them with sequences in GenBank and also their symptoms confirmed the presence of these viroids. To the best of our knowledge, this is the first report of the presence of grapevine viroids in Zanjan province.
Keywords
Keywords: Pospiviroid, Polymerase chain reaction, Grapevine yellow speckle viroid-1. Grapevine yellow speckle viroid-2, Hop stunt viroid