- |
-
بررسی مولکولی چند جدایه ویروس زردی بافت مرده باقلا (FBNYV) بر اساس قطعه ژنومی M درایران
نویسندگان
چهارراه دانشکده- پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران- گروه گیاهپزشکی- بخش بیماری شناسی 31587-77871
چکیده
ویروس زردی بافت مرده باقلا (Faba bean necrotic yellows virus) از اعضای جنس نانوویروس با 8 قطعه مولکول دی ان ای تک لای حلقوی با اندازه 1 کیلوباز است که هر یک از این قطعات به طور جداگانه در پوشش پروتئینی کوچک ایزومتریک به قطر 20 نانومتر پوشش دار می شوند. این ویروس عامل بیماری مخرب در حبوبات بسیاری از کشورهای جنوب غربی آسیا، شمال شرقی آفریقا و اروپا است که توسط سه گونه شته Aphis fabae, Aphis craccivora و Acyrthosiphon pisum منتقل می شود. به منظور بررسی مولکولی جدایه های این ویروس درایران، نمونه برداری از گیاهان دارای علائم زردی، کوتولگی و بافت مردگی در مزارع باقلای استان های گلستان و اصفهان و مزارع عدس استان قزوین در فصل زراعی سال 1396 انجام شد. دی ان ای کل از بافت برگ ها به روش بهینه شده مبتنی بر بافر CTAB استخراج و قطعه M ژنومی (حاوی ژن پروتئین حرکتی) چهار جدایه از میزبان باقلا و یک جدایه از میزبان عدس با واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) و با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی تکثیر شد. محصول PCR با استفاده از CloneJET PCR cloning kit و در سویه DH5ɑ باکتری Escherichia coli همسانه سازی و توالی یابی شد. نتایج حاصل از همردیف سازی و مقایسه ترادف نوکلئوتیدی این جدایه ها با 15 جدایه موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های ایرانی FBNYV دارای بیشترین شباهت (بین 96 تا 99%) با جدایه های این ویروس از کشور آذربایجان و کمترین شباهت (حدود 72%) با جدایه مصری ویروس هستند. رسم درخت تبارزائی بر اساس روش Maximum Likelihood و با نرم افزار MEGA6 نشان داد که براساس توالی قطعه M، جدایه های ایرانی FBNYV در این تحقیق و دو جدایه از کشور آذربایجان در یک کلاد جداگانه و به عنوان تیپ معرف دریای خزر و ایران از این ویروس قرار گرفتند.
کلیدواژه ها
موضوعات
Title
Molecular Characterization of Faba bean necrotic yellows virus isolates based on DNA-M in Iran
Authors
Mahsa Mansourpour
Abstract
Faba bean necrotic yellows virus is a member of the genus Nanovirus with 8 circular single stranded DNA molecules of about 1kb which are packed individually in small (20 nm) isometric viral capsids. FBNYV causes severe yield losses and crop failure in legumes in the north African, south Asian and European countries and circulatively transmits by Aphis fabae, Aphis craccivora and Acyrthosiphon pisum. In the spring of 2017, plants showing yellowing, stunting and necrosis symptoms were collected from faba bean fields in Golestan and Isfahan provinces and lentil fields in Qazvin province. Total DNA was extracted with modified CTAB method, used to amplify DNA-M (containing movement protein gene) of four faba bean and one lentil isolates of FBNYV by PCR using specific primer pairs. Amplified fragments were cloned into pJET1.2 vector and transformed into Escherichia coli strain DH5ɑ. Sequencing results and pairwise nucleotide alignments revealed that Iranian FBNYV isolates shared the highest (96- 99%) and lowest (72%) identity values with Azeri and Egypt FBNYV isolates, respectively. Maximum likelihood based phylogenetic analysis of FBNYV DNA-M using MEGA6 software confirmed the close relationship between viral isolates from Iran in this study and two isolates from Azerbaijan as a distinct clade separated from other isolates and representing a FBNYV type common to the Caspian Sea region and Iran.
Keywords
Key Words: Nanovirus, Legumes, Phylogenetic tree