گروه بندی جدایه های Pseudomonas syringae pv. syringae عامل شانکر درختان زردآلو و بادام بر اساس مقاومت به مس
کد مقاله : 1366-23IPPC
نویسندگان
1تبریز
2تبریز- بلوار 29 بهمن - دانشگاه تبریز - دانشکده کشاورزی - گروه گیاه پزشکی
چکیده
ترکیبات شیمیایی با پایه مسی به طور وسیعی در کنترل بیماری های باکتریایی از جمله شانکر درختان میوه هسته دار مورد استفاده قرار می گیرند. در تحقیق حاضر خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی جدایه های Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) جداسازی شده از درختان زردآلو و بادام و عامل بیماری شانکر، در استان آذربایجان شرقی در ارتباط با مقاومت به مس مورد بررسی قرار گرفت. واکنش جدایه های Pss به غلظت های صفر تا چهار میلی مولار سولفات مس در محیط استاندارد Mannitol-glutamic yeast extract (MGY) agar نشان داد که تمامی 10 جدایه مورد بررسی حساس به مس بوده و کمترین غلظت بازدارنده مس ((minimum inhibitory concentration of copper (MIC-Cu) در آنها 75/0≥ میلی مولار محاسبه گردید. حضور ژن های حفاظت شده copA و copB دخیل در مقاومت به مس در جدایه ها با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده در واکنش زنجیری پلی مراز به ترتیب با تکثیر قطعاتی به اندازه 650 جفت باز و 506 جفت باز به اثبات رسید. تعیین ترادف بخشی از ناحیه ژنی copA به دست آمده از استرین های Pss، جهت آنالیزهای فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. درخت فیلوژنیکی با استفاده از روش بایزین و بر اساس ژن copA جهت بررسی ارتباط تکاملی مابین ده جدایه Pss ایرانی و جدایه های مرجع ساخته شد. نتایج نشان داد که در میان جدایه های ایرانی تنوع وجود داشته و جدایه ها با حداکثر احتمال پسین به دو گروه کاملا متمایز تقسیم بندی شدند. گروه بندی حاصله از تعیین ترادف بخشی از ژن حفاظت شده ی copA، با گروه بندی به دست آمده بر اساس تعیین ترادف بخشی از ژن خانه داریrpoD مشابهت داشت. درصد نواحی حفاظت شده در توالی های هم تراز شده ژن copA با طول 610 نوکلئوتید در میان جدایه های ایرانی با استفاده از برنامه Gblocks 0.91b، 96 درصد محاسبه گردید. درصد تشابه تولی های هم تراز شده ژن copA در میان جدایه ها با استفاده از نرم افزار MegAlign گنجانده شده در پکیج DNASTAR، 2/90 تا 100 درصد به دست آمد.
کلیدواژه ها
موضوعات
Title
Grouping of Pseudomonas syringae pv. syringae strains the causal agents of apricot and almond canker disease based on resistance to cupper
Authors
yalda vasebi, Reza Khakvar
Abstract
Copper-based compounds are widely used to control bacterial diseases such as stone fruit canker. In present study phenotypic and genotypic properties of Pseudomonas syringae pv. syringae strains isolated from apricot and almond trees, the causal agent of bacterial canker disease, in East Azerbaijan province related to copper resistance were determined. Responses of Pss strains to 0 to 4 mM concentrations of copper (II) sulphate on standard Mannitol-glutamic yeast extract (MGY) agar medium showed that all 10 strains were sensitive to copper and their minimum inhibitory concentration of copper (MIC-Cu) was determined ≤0.75 mM. The presence of conserved copper resistance copA and copB genes was verified by amplification of 650 bp and 506 bp fragmentsو respectively in all Pss strains using specific designed primers. Partial nucleotide sequences of the copA gene obtained from Pss strains were used for phylogenetic analysis. Phylogenetic tree based on copA gene using Bayesian inference was constructed to evaluate the evolutionary relationships of the 10 Iranian Pss strains with reference strains. Results showed that there was diversity among Iranian strains and they clustered into two different groups with high posterior probability. This grouping was similar to strains’ grouping based on partial sequences of the housekeeping rpoD gene. The percentage of conserved regions of aligned sequences of copA gene (610 nt) was determined 96% among Iranian Pss strains by Gblocks 0.91b program. The pairwise nucleotide identity using MegAlign software) DNASTAR package) using aligned sequences of copA gene revealed that the range of identity among Pss strains was 90.2-100%.
Keywords
diversity, Conserved, copA, copB, rpoD