روشی نوین، ساده و ارزان، برای استخراج DNA ژنومی قارچ بدون استفاده از نیتروژن مایع جهت آزمونهای مبتنی بر PCR
کد مقاله : 1276-23IPPC
نویسندگان
1شیراز- صدرا-انتهای بلوار سعدی- بعد از خیابان دوستی- مجتمع آپادانا 2- مجتمع 28/7- واحد 15
2اصلاح نباتات، کشاورزی، یاسوج، یاسوج، ایران
3خ مشیر شرقی، نبش کوچه 8، جنب مبلمان کاخ، واحد 3
چکیده
امروزه روشهای مولکولی برای انجام بسیاری از تحقیقات لازم میباشد. با توجه به انجام طرحهای تحقیقاتی مبتنی بر نشانگرهای مولکولی، نیاز به استخراج DNA قارچی با کیفیت بالا با روشی ساده، کم خطر، کم هزینه، سریع و در عین حال کارآمد حس میگردید. تکنیکهای معمولی که جهت استخراج DNA قارچ مورد استفاده قرار میگیرند شامل استفاده از C-TAB، فنل، نیتروژن مایع، SDS و یا استفاده از کیتهای استخراج DNA میباشد که هر کدام مزایا و معایب خاص خود را دارند. در اغلب روشهای استخراج DNAی قارچی لازم است جهت پودر کردن مواد گیاهی از نیتروژن مایع استفاده شود که این ماده هم سمیت دارد و هم تهیه و نگهداری آن سخت بوده و نیاز به تجهیزات ویژه، ایمنی و هزینه دارد و از طرف دیگر باید نمونه قارچ بصورت تر و بدون پلاسیدگی به آزمایشگاه منتقل گردد، که اینکار نیازمند فریزرهای با دمای 40- درجه سانتیگراد میباشد. در این پژوهش روشی ساده و تکرارپذیر و قابل استفاده برای استخراج DNA از منابع قارچی ارائه میگردد. در این روش، با تغییراتی که در میزان دور سانتریفیوژها، میزان مواد مصرفی، تغییرات زمانی و دمایی ایجاد کردیم، به روشی بهینه از نظر زمانی و اقتصادی و نیز استخراج DNA با کیفیتتر و با حجم بیشتر دست یافتیم. بر اساس این روش، ابتدا قارچ کشت شده را از سطح محیط کشت جدا کردیم و به منظور خشک شدن، درون پاکت سر باز در دمای 25-30 درجه سانتیگراد قرار دادیم تا خشک گردد. پس از پودر کردن ریسه قارچ، افزودن بافر استخراج و استخراج DNA آن، آزمونهای کیفیت سنجی با استفاده از الکتروفورز و دستگاه اسپکتروفتومتری انجام شد که نتایج بدست آمده حاکی از کیفیت و کمیت بالای DNAی استخراج شده بود. در ادامه، با استفاده از آغازگرهایISSR واکنش PCR نیز بر روی آن انجام شد که کارایی بالای تکثیر آن را تایید کرد.
کلیدواژه ها
موضوعات
Title
A new way simple and inexpensive to extract genomic DNA of fungi without using liquid nitrogen for PCR-based tests
Authors
Seyede Zahra Fatemi fard, Asad Masoumiasl, zeinab shiavi
Abstract
Nowadays, molecular methods are needed in a lot of researches. According to molecular markers researches, it was felt the need to high-quality fungal DNA extraction in a simple, low risk, low costs and fast method and at the same efficiency. Conventional techniques for fungal DNA extraction contains use of C-TAB, Phenol, liquid nitrogen, SDS, or DNA extraction kits that which has own advantages and disadvantages. In most fungal DNA extraction methods, it is necessary to use liquid nitrogen to powdering the fungal material. That, this substance is toxic too and also provide and maintenance it has been hard and need special equipment, safety and cost. On the other hand the sample of the fungus should be transferred to the laboratory more precisely without wilting. To do this, you need a freezer at temperatures of -40°C. In this research, it is introduced a simple, repeatable and usable way to fungal DNA extraction. In this method, by doing changes in the amount of centrifuge rounds, amount of material consuming, time and temperature variations, we achieved an optimal method, in respect to time and economics, as well as higher volume extraction and higher-quality DNA. According to this method, at first we separated fungus from the surface of culture medium and in order to dry, we placed inside the open envelope at a temperature of 25-30°C. After powdering hyphae, add extraction buffer and extracting DNA of it, the qualitative tests were performed using electrophoresis and spectrophotometry, the results indicates that was high quality and quantity of extracted DNA. In continuation, by using the ISSR primers, the PCR reaction was performed on it too, that confirmed high efficiency reproduction of it.
Keywords
Electrophoresis, dried mushroom samples, molecular markers and ISSR