شناسایی برخی قارچ‌های اندوفیت درختان لرگ به کمک آنالیز توالی نواحی فاصله ساز ریبوزومی(ITS-rDNA)

کد مقاله : 1592-23IPPC
نویسندگان
1گیلان-تالش-خیابان کشاورز-خیابان شهیدغنی زاده-خیابان معلم: جنب مدرسه مهر حیان-منزل شخصی رسولی 09383474428
2گروه گیاهپزشکی ، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری،ایران
3گروه گیاھپزشکی ، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایرن
4گروه گیاهپزشکی ، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری ایران
چکیده
قارچ‌های اندوفیت بخشی از اجزای مهم تنوع زیستی مرتبط با گیاهان بوده و دارای اثرات مفید روی گیاهان میزبان خود هستند. اندوفیت‌ها همه جازی بوده و از تنوع زیستی بالایی برخوردارند این گروه از قارچ‌ها، بدون ایجاد علائم داخل بافت‌های گیاهی مستقر هستند. تحقیق حاضر با هدف شناسایی قارچ‌های اندوفیت درختان لرگ انجام شد. نمونه برداری از سر شاخه‌های سالم درختان صورت گرفت. جهت ضدعفونی اولیه نمونه‌ها ابتدا با آب جاری شسته و پس از جداسازی پوست رویی، بخش چوب به قطعات نیم سانتیمتر تقسیم شدند. برای ضدعفونی سطحی به ترتیب از اتانول 75% به مدت یک دقیقه، هیپوکلریت سدیم با ماده موثره‌ی 2% به مدت سه دقیقه، اتانول 75% به مدت یک دقیقه و سه بار شستشو با آب مقطر استریل استفاده شد و پس از خشک شدن روی کاغذ صافی استریل در پتری حاوی محیط کشت PDA به مدت چهار هفته در انکباتور با دمای 25 درجه سلسیوس نگهداری شدند. براساس خصوصیات مورفولوژیکی و بررسی‌های مولکولی تمامی جدایه‌های بدست آمده شناسایی شدند. به منظور شناسایی مولکولی، استخراج DNA به روش CTAB صورت گرفت. ناحیه ژنومی ITS-rDNA با استفاده از جفت آغازگرهای ITS4 و ITS5 تکثیر گردید. محصول PCR پس از توالی‌یابی با توالی‌های مرتبط در GenBank مقایسه شد. نتایج حاصل از همردیفی توالی‌ها و آنالیزهای بیوانفورماتیکی تشابه 99 درصدی با قارچ‌های Neosetophoma samarorum، Xylaria heliscus، Paraphaeosphaeria neglecta و تشابه 100 درصدی با قارچ‌های Cladosporium perangustum، Microascus murinus را نشان داد. ویژگی‌های مولکولی قارچ‌های مورد مطالعه موید خصوصیات مورفولوژیکی بود و با آن‌ها مطابقت داشت. در بین نمونه‌های مورد بررسی قارچ‌های Paraphaeosphaeria neglecta، Microascus murinu ، Neosetophoma samarorum آرایه‌های جدیدی برای مایکوفلور ایران می‌باشند. همچنین کلیه قارچ‌های شناسایی شده در این مطالعه برای اولین بار به عنوان قارچ‌های اندوفیت جداشده از درختان لرگ معرفی می‌شوند.
کلیدواژه ها
موضوعات
 
Title
Identification of some endophytic fungi from Pterocarya fraxifolia trees using ITS rDNA analysis
Authors
Farahnaz Rasouli Miankouh, Mohammad Ali Tajik Ghanbari, Heshmatullah Rahimian, vali ollah babaezad
Abstract
Endophytic fungi are known components of plants biodiversity and infer numerous beneficial effects to host plants. These fungi are cosmopolite, have high biodiversity and live in internal tissues of living plants without any symptoms. The aim of this study was to identify the endophytic fungi of Pterocarya fraxifolia tree. Sampling from healthy branches of Pterocarya fraxifolia trees was done. For initial disinfection, samples were primarily washed with tap water and After separation of bark from wood, wood fragments were cut into small pieces of .5 cm. Samples were surface sterilized whit 75% ethanol(v/v) for 1 min, 2% sodium hypochlorite (v/v) for 3 min and 75% ethanol(v/v) for 1 min respectively, and then washed three times whit autoclaved water, and then drying in a sterile filter paper samples were plated onto PDA culture medium and incubated at 25°C for 4 weekes. All of fungi was consistently identified on the basis of morphological characteristics. In order to molecular identification the DNA extraction was done by the CTAB containing buffer. The internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA was amplified using ITS4 and ITS5 primer pairs. After sequencing of PCR products, the obtained sequences were compared with the related sequences presenting in GenBank. The BLAST and bioinformatics analysis showed 99 % similarity with Neosetophoma samarorum, Xylaria heliscus, Paraphaeosphaeria neglecta and 100 % similarity with Cladosporium perangustum, Microascus murinus. The molecular characteristics of the studied fungi were confirmed by morphological characteristics. Among the identified fungi Paraphaeosphaeria neglecta, Microascus murinus, Neosetophoma samarorum are as new taxa for mycoflora of Iran. Besides, all identified species are new endophytic records from Pterocarya fraxifolia trees.
Keywords
Endophytic fungi, Pterocarya fraxifolia, new taxa