شناسایی مولکولی سه جدایه ویروس موزائیک هندوانه از کدوئیان استان آذربایجان شرقی و غربی

کد مقاله : 2067-23IPPC
نویسندگان
1تبریز. خیابان ایل گلی. میدان فردوس. کوی گلستان. مجتمع گلستان. بلوک 6. طبقه7. پلاک 620
2گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه آزاد اسلامی ایران واحد تبریز
چکیده
ویروس موزائیک هندوانه (Watermelon mosaic virus, WMV) متعلق به جنس Potyvirus از خانواده Potyviridae می باشد. به منظور ردیابی، تعیین پراکنش و آنالیز فیلوژنتیکی این ویروس در مزارع مختلف کدوئیان استان آذربایجان‌شرقی و غربی، 305 نمونه گیاهی مشکوک به آلودگی، از 13 منطقه جمع‌آوری شد. علایم شامل موزائیک، کوتولگی، بدشکلی و تاولی برگ بودند. در مطالعات گلخانه‌ای از کدو (cucurbita pepo) به عنوان میزبان تشخیصی و تکثیری استفاده شد. جدایه‌های WMV دو هفته پس از مایه‌زنی علایم متنوعی شامل بدشکلی، باریک و پاره شدن برگ به همراه تاول‌های برجسته سبز تیره و موزائیک روی برگ گیاه کدو (C. pepo) ایجاد نمودند. از گیاهان آلوده، RNAویروس‌ها مطابق پروتوکل روحانی و همکاران استخراج و cDNA تهیه گردید. واکنش RT-PCR روی 54 نمونه که به عنوان نماینده از بین نمونه‌ها از لحاظ تنوع علایم و منطقه انتخاب شدند، انجام شد. با استفاده از آغازگر‌های اختصاصی قطعه‌ی 800 جفت‌باز از بخش عمده ژن پروتئین پوششی WMV تکثیر یافت. محصول PCR سه جدایه WMV برمبنای تنوع علایم و محل نمونه‌برداری، به طور مستقیم ترادف‌یابی شدند. ترادف‌های بدست‌آمده شامل 780 نوکلوتید از ژن پروتئین پوششی همراه با 19 ترادف انتخاب شده از GenBank همردیف‌سازی شد. آنالیز فیلوژنتیکی براساس ترادف نوکلوتیدی ژن پروتئین پوششی WMV، این جدایه‌ها را در 3 گروه قرار داد که جدایه T1.Ahar و جدایه 32.Tab استان آذربایجان‌شرقی در کنار جدایه‌هایی از اصفهان، یزد، کرمان و تعدادی از کشورهای اروپایی در گروه I قرار گرفتند. البته جدایه T1.Ahar و 32.Tab در یک زیرخوشه شامل جدایه‌های اروپایی و اصفهانی قرار دارند. جدایه T5.Nagd استان آذربایجان‌غربی در گروه II در کنار جدایه‌های ردیابی شده از قسمت‌های مختلف جهان قرار گرفت.
کلیدواژه ها
موضوعات
 
Title
Molecular Identification of Three Watermelon Mosaic Virus Isolates from Cucurbits of East Azarbaijan and West Provinence
Authors
Neda Panahborhani, Sevil Nematollahi
Abstract
Watermelon mosaic virus (WMV) is member of the genus Potyvirus in the family Potyviridae. To stady determine distributio and phylogenetic analysis this virus in cucurbits various fields of East Azarbaijan and West province, 305 plant samples suspected to be infected were collected from thriteen regions.The sample expressed various symptoms including mosaic, stunting, leaf blistering and deformation. Inoculation were done on the diagnostic hosts and propagation hosts cucurbita pepo. Two weeks after inoculation, WMV isolates caused various symptoms including leaf deformation, thin and torn with green blistering and mosaic on the leaf of Cucurbita pepo. Viral RNA was extracted from infected plant according to Rouhani et al’s protocol and cDNA was prepared. RT-PCR reaction was performed on 54 samples selected as representative of the samples, in terms of the diversity of symptoms and the region. Using specific primers, 800bp fragment was amplified of coat protein gene area of WMV. PCR products of three WMV isolates was directly sequenced based on the variety of symptoms and the region and was compared containing 780 nt from coat protein gene, along with 19 sequences selected from GenBank. Phylogenetic analysis based on the nucleotide sequence of coat protein gene placed these isolates in three groups where T1.Ahr and 32.Tab isolates of East Azarbaijan were placed next to some isolates from Isfahan, Kerman, Yazd and some European countries into group I. of course, T1.Ahr and 32.Tab isolates and ESF.ES.2 isolates from Isfahan and isolates from Europe were clustered into group I. T5.Nagd isolate of West Azarbaijan and isolates traced from different parts of the world were classified in group II.
Keywords
WMV, biological, RT-PCR, Coat protein, Phylogenetical