بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی یک جدایه ایرانی ویروس موزائیک یونجه

کد مقاله : 1965-23IPPC

نویسندگان

نفیسه پورسیدی ¹ ، حسین معصومی ² ، جهانگیر حیدرنژاد ³ ، اکبر حسینی پور ⁴ ، محمد مداحیان ⁴ ، خدیجه سالاری ⁵

¹جیرفت، میدان 17 شهریور، خیابان 17 شهریور شرقی، کوچه شهید مجید کمالی، پلاک 54

²76169-14111

³-بخش گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

⁴بخش گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

⁵کرمان-میدان پژوهش-دانشگاه شهیدباهنر کرمان

چکیده

ویروس موزائیک یونجه گونه تیپ جنس Alfamovirus و خانواده Bromoviridae می‌باشد که توسط شته‌ها به روش ناپایا منتقل می‌شود. در پژوهش قبلی محققین، بر اساس تعیین ترادف ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ایرانی AMV، پس از رسم درخت فیلوژنتیکی، چهار جدایه مربوط به استان خوزستان در یک گروه مجزا قرار گرفتند. در این بررسی مشخصات بیولوژیکی و وضعیت مولکولی ژنوم RNA2 یک جدایه از چهار جدایه مربوط به استان خوزستان - شهرستان بهبهان (Kh.Be.A) مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تعیین دامنه میزبانی، جدایه مذکور بر روی ارقام مختلف گیاهان آزمون از سه خانواده Solanaceae، Leguminosae و Chenopodiaceae مایه زنی گردید. در میان گیاهان مختلف مایه زنی شده، گیاهان Nicotinic tabacum cv. Samsun، N. glutinosa، N. T cv.Turkish، N. debneyii، N. clevelendi، Datura maxima و D. stramonium علائم آلودگی به جدایه Kh.Be.A مشخص شد. در مواردی نیز در گیاهان آلوده هیچگونه علائمی مشاهده نگردید و تنها بر اساس آزمون الیزای غیر مستقیم آلودگی مشخص گردید. در مطالعات مولکولی با استفاده از آزمون RT-PCR و به کمک سه جفت آغازگر اختصاصی، طول کامل قطعه ژنومی RNA2 با اندازه 2418 تعیین ترادف و درخت فیلوژنی رسم شد. نتایج حاصل بیان گر آن است که جدایه‌های ایرانی و تعدادی از جدایه‌های گزارش شده از دنیا ، در گروه اصلی I واقع گردیده و دو جدایه گزارش شده از کشورهای چین و آمریکا در گروه II قرار می گیرند. بر اساس مقایسه درصد تشابه ترادف نوکلئوتیدی ژن P2 مربوط به قطعه RNA2، جدایه ایرانی Kh.Be.A و جدایه‌های گزارش شده از کشورهای مختلف دنیا، بیشترین و کمترین میزان تشابه به ترتیب بین جدایه مذکور و جدایه های KC881009 (آرژانتین) و NC_002024 (آمریکا) به میزان 8/96 و 95 درصد می باشد. همچنین دو جدایه KC881009 و NC_002024 به ترتیب بیشترین (6/96) و کمترین (7/93) درصد میزان مشابهت ترادف های اسیدهای آمینه ژن P2 را در مقایسه با جدایه ایرانی Kh.Be.A دارا می باشند.

کلیدواژه ها

ویروس موزائیک یونجه؛ ژن P2؛ آنالیز فیلوژنتیکی؛ مشخصات بیولوژیکی

موضوعات

بیماریهای ویروسی و ویروئیدی

Title

Biological and molecular characterization of an Iranian Alfalfa mosaic virus isolate

Authors

NAFISEH Pourseyyedi, Hossain Massumi, Jahangir Heydarnejad, Akbar Hosseinipour, mohammad maddahian, khadijeh salari

Abstract

Alfalfa mosaic virus (AMV) is the type species of the Alfamovirus (the family Bromoviridae) and is transmitted in a non-persistent manner by several aphid species. Based on phylogenetic analysis of the previous studies, four Iranian AMV isolates belong to Khuzestan province were clustered into a distinctive group. Only one out of four isolates (Kh.Be.A) was selected for further studies. The isolate was biologically characterized by inoculating a range of test plants from three families: Solanaceae, Leguminosae and Chenopodiacea. Among inoculated test plants, the leaves of Nicotiana tabacum cv. Samsun, N. glutinosa, N. tabacum cv. Turkish, N. debneyii, N. clevelendi, Datura maxima and D. stramonium showed symptoms. In some cases no symptoms in infected plants were observed and the AMV infection was confirmed based on indirect enzyme-linked immunosorbent assay (Indirect-ELISA) using AMV polyclonal antibody. In molecular studies, the total length of the RNA2 segment of AMV was amplified using three specific primer pairs in reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) test and sequenced to be 2418 nts in length. Sequence comparison of the RNA2 segment with counterpart sequences available in the GenBank showed that the AMV isolates are classified in two groups. Group I comprise Iranian isolates together with some abroad GenBank isolates, while two Argentinian (KC881009) and American (NC_002024) isolates were classified in group II. Sequence comparison of the P2 gene (from RNA2 segment) of the Kh.Be.A isolate with those of two isolates KC881009 and NC_002024 showed 96.8 and 95% nucleotide and 96.6 and 93.7% amino acid sequence identities, respectively.

Keywords

Alfalfa mosaic virus, P2 gene, Phylogenetic analysis, Biological properties