تنوع ژنتیکی جدایه‌های Candidatus Liberibacter asiaticus در مناطق مرکبات خیز جنوب ایران

کد مقاله : 1842-23IPPC
نویسندگان
استان فارس-زرقان-مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی هرمزگان
چکیده
بیماری هوانگ‌لونگ‌بینگ مرکبات (HLB) ناشی از هر یک از سه گونه‌ باکتری Candidatus Liberibacter asiaticus، Ca L. africanus و Ca. L. americanus بیماری‌ مهم مرکبات در بسیاری از نقاط دنیا و ایران می‌باشد. در سال 1392 در یک مطالعه‌ی اولیه، تنوع ژنتیکی 13 جدایه‌ی‌ ایرانی Ca. L. asiaticus، به عنوان جدایه‌های نماینده از استان‌های سیستان و بلوچستان (سرباز، قصرقند)، هرمزگان (رودان و سیرمند) و کرمان (جیرفت) بر اساس ترادف و مقایسه‌ی قسمتی از ژن 16S rRNA، ناحیه‌ی بین ژنی 16S/23S rRNA، قسمتی از ژن‌های اپرون بتا و omp و همچنین با استفاده از نشانگرهای SSR انجام شد. جدایه‌ها‌‌ی ایرانی Ca. L. asiaticus از نظر ترادف قسمتی از ژن 16S rRNA و ناحیه‌ی بین ژنی 16S/23S rRNA با یکدیگر 100% شباهت نشان دادند. بین جدایه‌های ایرانی Ca. L. asiaticus در ترادف قسمتی از ژن اپرون بتا 8/99% تا 100% و بر اساس ترادف قسمتی از ژن omp بین 2/99% تا 100% شباهت وجود داشت. تعداد نه جفت آغازگر SSR که در تمام جدایه‌های Ca. L. asiaticus قطعات قابل انتظار را تکثیر کردند برای مطالعه‌ی تنوعِ ژنتیکیِ 19 جمعیت باکتری Ca. L. asiaticus از درختان آلوده و پسیل مرکبات از ایران، برزیل، ژاپن و تایوان مورد استفاده قرار گرفتند. همه‌ی نُه جفت آغازگر مورد استفاده توانستند چندشکلی را بین این جدایه‌ها نشان دهند و در مجموع 38 آلل را در جدایه‌ها شناسایی کردند. تعداد آلل‌ها برای هر نشانگر بین دو تا هفت آلل و میانگین تعداد آلل‌ها برای نشانگرها 22/4 آلل بود. تجزیه‌ی خوشه‌ای جدایه‌های Ca. L. asiaticus بر اساس ضریب تشابه جاکارد و روش UPGMA چهار گروه مشخص شامل گروه جدایه‌های ایرانCa. L. asiaticus ، گروه جدایه‌های ژاپن، گروه جدایه‌های تایوان و گروه جدایه-های برزیل را نشان داد. جدایه‌های ایرانی Ca. L. asiaticus نیز در دو زیر گروه عمده قرار گرفتند. به طور کلی، در مطالعه‌ی تنوع ژنتیکی جدایه‌های Ca. L. asiaticus، درخت‌های تبارزایی به دست آمده براساس ترادف‌های ژن 16S rRNA، ناحیه‌ی بین ژنی 16S/23S rRNA، قسمتی از ژن‌های اپرون بتا و omp نتوانستند تنوع زیادی را بین جدایه‌های Ca. L. asiaticus حتی از مناطق جغرافیایی مختلف نشان دهند در صورتی که نشانگرهای SSR به خوبی تنوع ژنتیکی را بین و داخل جمعیت‌های Ca. L. asiaticus نشان دادند و با استفاده از نه نشانگر، در بین 19 جدایه‌ی مورد مطالعه 18 هاپلوتایپ شناسایی شد.
کلیدواژه ها
موضوعات
 
Title
Genetic diversity of Candidatus Liberibacter asiaticus in citrus growing areas of southern Iran
Authors
Mohammad Mehdi Faghihi
Abstract
Citrus huanglongbing (HLB), thought to be caused by Candidatus Liberibacter asiaticus, Ca L. africanus and Ca. L. americanus, is one of the most destructive diseases of citrus worldwide. The disease has been reported in recent years in various areas of southern Iran. In a primary study in 2013, the genetic diversity of 13 representative Iranian isolates of Ca. L. asiaticus collected from provinces of Sistan and Baluchestan (Sarbaz, Ghasre-ghand), Hormozgan (Roudan, Sirmand) and Kerman (Joroft) was carried out by sequencing 16S rRNA gene, 16S/23S rRNA intergenic spacer region, the rplKAJL-rpoBC operon and outer membrane protein (omp) gene as well as simple sequence repeat (SSR) markers. Sequence analysis of the 16S rRNA gene, and the 16S/23S rRNA intergenic spacer region failed to reveal any differences between various Iranian isolates of Ca. L. asiaticus. Partial sequence analysis of the rplKAJL-rpoBC operon and omp gene showed that identity level among Iranian isolates of Ca. L. asiaticus was 99.8% to 100% and 99.2% to 100%, respectively. Phylogenetic trees based on sequences of 16S rRNA gene, 16S/23S rRNA intergenic spacer region, rplKAJL-rpoBC operon and omp gene showed that the Iranian isolates of Ca. L. asiaticus with other Ca. L. asiaticus isolates of different origins were in one group, and distinct from Ca. L. africanus and Ca. L. americanus. A number of nine SSR markers were used to study the genetic diversity of nineteen Ca. L. asiaticus isolates from Iran, Taiwan, Japan and Brazil. All nine primer pairs showed polymorphism among the isolates. A total of 38 alleles were detected using nine SSR markers. The number of alleles per locus ranged from 2 to 7, with an average of 4.22 alleles per locus. The average of the haploid genetic diversity (H) was 0.5819 for all SSR markers. Cluster analysis of the Ca. L. asiaticus isolates using the UPGMA method based on Jaccard coefficient clearly separated the isolates into four clusters including Iranian, Japanese, Taiwanese and Brazilian isolates. Iranian isolates of Ca. L. asiaticus were clustered in two major subgroups. UPGMA dendrogram separated the isolates according to their geographical origins. In conclusion, SSR markers showed the genetic diversity between and within the Ca. L. asiaticus populations. Using nine SSR markers among 19 studied isolates 18 haplotypes were identified.
Keywords
Citrus, huanglongbing, omp, ribosomal RNA, SSR