ارزیابی تنوع ژنتیکی وخصوصیات فنوتیپی جدایه های مخمری عامل شانکر درختان میوه هسته دار در استان قم
کد مقاله : 1765-23IPPC
نویسندگان
مازندران- ساری - کیلومتر 9 جاده دریا دانشکده علوم زراعی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
چکیده
تولید میوه‌های هسته‌دار در ایران در سال‌های اخیر رو به افزایش است. در برخی از سال‌ها عواملی همچون آفات و بیماری‌ها بر میزان تولید آن‌ها در برخی مناطق اثر می‌گذارند که بیان کننده‌ی لزوم بررسی این عوامل و شناسایی و کنترل آن‌ها می باشد. بدین منظوردر خرداد 1395 از باغ‌های هسته‌دار استان قم نمونه برداری انجام شد. درختان آلوده دارای علائم زخم‌های فرورفته تیره با تراوش صمغ بر روی شاخه‌ها بودند. نمونه ها درون پاکت قرارداده و به آزمایشگاه منتقل گردید. نمونه های آلوده با آب شسته شدند، سپس در داخل پتری-های سترون به کمک تیغ خرد، و مقداری اب مقطر به آن اضافه گردید. پس از نگه‌داری به مدت 30-20 دقیقه، از سوسپانسیون حاصل قطره‌ای به کمک لوپ برداشته و روی محیط NAS (نوترینت آگار،ساکاروز) به صورت مخطط کشت گردید. پس از دو روز نگه‌داری پتری-های کشت شده در دمای 28-26درجه سلسیوس تک کلونی‌های کرم متمایل به سفید تا صورتی کم رنگ رشد کردند. بیماری‌زائی جدایه‌ها بر اساس قابلیت ایجاد زخم‌های فرورفته تیره بر روی سرشاخه‌های جوان هلو مورد ارزیابی قرار گرفت. . آزمون‌های فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی و تغذیه ای بر اساس روش های استاندارد در باکتری شناسی روی جدایه‌های جمع آوری شده صورت گرفت. جدایه‌ها به دست آمده اکسیدازمنفی، اوره آز مثبت، کاتالاز مثبت، قادر به لهانیدن برش‌های سیب زمینی بودند. نمک طعام دو درصد و چهار درصد را تحمل کردند. تمامی جدایه‌ها در هیدرولیز نشاسته و آربوتین مثبت بودند. اکثر جدایه‌ها توانایی هیدرولیز تویین 80 را نداشتند. در هیدرولیز تویین 60 و40 نیز ضعیف بودند. اما تویین20را به خوبی هیدرولیز کردند. تمامی جدایه‌ها در آزمون متیل رد و آرژنین دهیدرولاز منفی بودند. DNA ژنومی از جدایه ها استخراج و در واکنش زنجیرهای پلیمراز با روش BOX-PCR به کار برده شدند. محصول تکثیر شده در ژل آگارز2/1درصد الکتروفورز و با اتیدیوم برماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشایه جاکارد برای تعیین تشابه جدایه‌ها و از روش UPGMA و نرم افزار NTYSYS-pc نسخه 2 برای آنالیز خوشه‌ای استفاده شد.در آنالیز خوشه‌ای نتایج به دست آمده از BOX-PCR نشان داد که جدایه-های مورد مطالعه با تشابه 50 درصد در 10گروه قرار گرفتند. BOX-PCR توانست به خوبی تنوع را در بین جدایه‌ها نشان دهد. بر اساس ویژگی‌های فنوتیپی و تشابه اثر انگشت ژنتیکی، جدایه‌ها بیشترین شباهت را به گونه های Crytococcus داشتند.
کلیدواژه ها
موضوعات
Title
The assessment of genetic diversity and phenotypic characteristics
yeast isolates causing canker of stone fruits in Qom Province
Authors
afshin arbabi
Abstract
The production of stone fruits in Iran has increased in recent years. Factors such as pests and diseases affect the production of these crops in some areas, which necessitates identification of these factors and reduce their impact. In June 2017, fruit tree orchards of Qom province were surveyed. A considerable number of fruit trees showed branch cankers accompanied by exudation of gum. Samples of symptomatic shoots were placed in the envelope and transferred to the lab .The samples were thoroughly washed with water. The in a sterile petri dish, cankered bark segments were plated chopped in a few drops of and let to stand for 20-30 minutes loop fuls of the resulting suspension were streaked on plates of sucrose nutrient agar(NAS) and the plates were incubated at 26-28 C. Creamy-white to pale pink circular colonies appeared after two days of incubation selected isolates produced depressed lesions one to two weeks after inoculation on twigs of peach(Prunus persica).Biochemical and physiological characteristics of the isolated were determined by using the standard bacteriological tests. The isolates were catalese and urease positive, oxidase negative, rotted pototo tuber slices and grew on 4% sodium chloride. All isolates hydrolyzed starch and arbutin. Tween 20 was strongly and tween 40 and tween 60 weakly hydrozed by islets; none coald hydrolyze tween 80. Genomic DNA was isolated from isolates and used in BOX-PCR. The amplified fragments were electrophoresed on 1.2% agaros gel and the gel was stained with ethidium bromide. The simslarity of the isolates was determined by the Jaccard coefficient and the dendrogram was nstructe by the UPGMA method using NTSYS-pc v.2. Based on their phenotypic characteristics and DNA fingerprints the isolates were identified as Cryptococcus spp. The isolates were heterogeneous and at 50% similarity level of their fingerprints clustered in 10 groups.
Keywords
genetic diversity, Yeast canker, Cryptococcus, box PCR