بازنگری جدایه‏های Phytophthora parsiana با استفاده از چندشکلی ساختاری تک‏رشته‏ی دی‏اِن‏اِی ریبوزومی
کد مقاله : 1748-23IPPC
نویسندگان
1شیراز
دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
بخش گیاهپزشکی
2دانشگاه شیراز- دانشکده کشاورزی- بخش گیاهپزشکی
چکیده
تاکنون Phytophthora parsiana به عنوان گونهای منفرد و بیمارگر مهم باغهای پستهی ایران به شمار میآمده است. ظهور گونههای جدید و بسیار نزدیک به این آرایهی تکاملی از جمله P. hydropathica، P. hydrogena و P. virginiana در تبار نُه درخت فیلوژنتیکی فیتوفتورا و همچنین مشاهدهی خصوصیات ریختشناختی، فیزیولوژیک و دامنهی میزبانی بسیار ناهمگن در بین جدایههای منسوب به این گونه، لزوم مطالعهی مقایسهای جدایههای آن را تحت عنوان یک گونهی مرکب نشان میدهد. بدین منظور جدایههایی که در طول 25 سال اخیر تحت عنوان این آرایه در نظر گرفته شده بودند همراه با جدایههای حاصل از نمونهبرداریهای انجام شده در سالهای 1394 تا 1395 مورد بررسی قرار گرفتند. از روش چندشکلی ساختاری تکرشتهی دیاِناِی ریبوزومی (SSCP) استفاده شد. بررسی نتایج حاصل از نقوش به دست آمده نشان داد که جدایههای منسوب به P. parsiana در مقایسه با سایر گونههای نزدیک به آن در چهار گروه کاملاً مجزا در تبار نُه فیتوفتورا دستهبندی میشوند. گروه اول منحصراً شامل جدایههای به دست آمده از مناطق پستهکاری استانهای کرمان و یزد در ایران بود که در فاصلهی سالهای 1387 تا 1394 متناوباً جداسازی شده بودند. گروه دوم شامل تنها دو جدایه از پستهکاریهای استان کرمان در ایران بود که تنها در سال 1372 جدا شده بودند. گروه سوم، حاوی تک جدایهی تیپ این آرایه با داشتن نقوش الکتروفورز کاملاً متفاوت روی ژل پلی اکریل آمید گروهی کاملاً مجزا را ایجاد کرد. این جدایه تنها در سال 1370 از ریشهی درخت انجیر دارای علائم پوسیدگی طوقه و ریشه در منطقه شبانکاره استان بوشهر در ایران گزارش شده است. گروه چهارم شامل جدایههایی از مناطق پستهکاری ایران و آمریکا بود که جدایههای ایران در سالهای 1378 و 1394 گزارش شده بودند. شواهد حاصل از این گروهبندی وجود تنوع قابل ملاحظهی درونگونهای و همچنین لزوم بازنگری در توصیف اولیهی این گونهی مرکب را تأیید میکند. شناسایی مولکولی جدایههای مربوط به گروههای به دست آمده با استفاده از ژنهای هستهای و میتوکندریایی در دست بررسی است.
کلیدواژه ها
موضوعات
Title
A revision of Phytophthora parsiana isolates based on single-strand-conformation polymorphism of ribosomal DNA
Authors
zahra mirsoleymani, Reza Mostowfizadeh-Ghalamfarsa
Abstract
Phytophthora parsiana has been considered as a unique and important pathogen in Iranian pistachio orchards, so far. The dawn of novel and closely related species to this evolutionary taxon in Clade 9 of Phytophthora spp. phylogenetic trees, including P. hydropathica, P. hydrogena and P. virginiana, as well as extremely heterogeneous morphological, physiologic and host rang of the assigned isolates, necessitates a comparative study of the isolates as a complex species. For this purpose, isolates that have been considered under this taxon during the last 25 years, along with the isolates which have been isolated in 2014- 2015 were studied. Single-strand-conformation polymorphism (SSCP) of ribosomal DNA was applied. The results of the patterns showed that the isolates assigned to P. parsiana were classified into four distinct groups in the Phytophthora spp. Clade 9 in comparison with other closely related species. The first group exclusively consisted of isolates obtained from pistachio orchards in Kerman and Yazd Provinces, which were alternately isolated between 2008 and 2014. The second group consisted of only two pistachio isolates from Kerman Province that were isolated only in 1993. The third group, containing single isolate of this taxon, created a completely separate group with completely distinct electrophoresis patterns on the polyacrylamide gel. This isolate has been reported only in 1991 from the root of fig tree with crown and root rot symptoms in Shabankareh region of Bushehr Province in Iran. The fourth group included isolates from Iranian and American pistachio plantations, which were reported in Iran in 2008 and 2014. The evidence from this grouping confirms the existence of a significant intra-species variation as well as the need for an overview of the initial description of this complex species. Molecular identification using nuclear and mitochondrial genes of identified groups, is under investigation.
Keywords
Key words: Phytophthora spp. phylogeny, Pistachio tree pathogens, Evolutionary species